طرح نيروگاه برقابي ارس بر روي رودخانه ارس و در حد فاصل مرز مشترك ايران و ارمنستان قرار دارد. اين طرح با هدف استفاده از انرژي برقابي رودخانه ارس و تبديل آن به انرژي الكتريكي مطالعه شده و شامل دو بند انحرافي بر روي رودخانه ارس، دو تونل انتقال (اولي در خاك ارمنستان و دومي در خاك ايران قرار دارد) و دو نيروگاه جهت توليد انرژي است. منطقه طرح تماماً در طول مرز مشترك ايران و ارمنستان (حدود 40 كيلومتر است) واقع مي‌گردد. مثلث مرزي ايران - ارمنستان و نخجوان نقطه آغاز طرح است كه در فاصله‌اي حدود 60 كيلومتري شرق شهر جلفا واقع مي‌گردد. در اين قسمت ابتدا آب رودخانه با احداث يك بند انحرافي از مسير رودخانه ارس خارج شده و وارد يك تونل انتقال آب مي‌گردد (طول تونل حدود 18 كيلومتر) كه تماماً در خاك ارمنستان واقع خواهد شد. در انتهاي تونل و پس از ورود به نيروگاه اول، مجدداً وارد رودخانه شده و توسط بند انحرافي دوم وارد تونل انتقال واقع در خاك ايران (طول تونل حدود 18 كيلومتر) مي‌گردد و در انتها پس از عبور از نيروگاه دوم در حوالي مثلث مرزي ايران - ارمنستان و آذربايجان و تقريباً در نزديكي روستاي قره چيلر اين آب وارد رودخانه ارس مي‌گردد.

مطالعات پايش بيولوژيك و آلودگي رودخانه ارس در ادامه مطالعات فاز اول طرح برقابي ارس كه در قالب مطالعات "ارزيابي اثرات زيست محيطي طرح برقابي ارس (1385)" صورت گرفته بود انجام پذيرفت. مطالعات ارزيابي اثرات زيست محيطي با هدف اطمينان يافتن از اجراي مناسب و صحيح پروژه و روشي جهت تعيين، پيش‌بيني و تفسير اثرات زيست محيطي بر كل مجموعه محيط زيست، بهداشت عمومي و سلامت اكوسيستم‌هاي منطقه كه حيات و تداوم حيات انسان‌ها به آنها وابسته است صورت گرفت. در پايان مطالعات ارزيابي، پايش فيزيكي، شيميايي و بيولوژيكي رودخانه ارس در دوره ساخت و در زمان بهره‌برداري نيروگاه برقابي پيشنهاد گرديد كه با موافقت كارفرماي محترم اين مطالعات به مرحله اجرايي رسيد. هدف از مطالعات حاضر پايش شرايط كيفي و بيولوژيكي سيستم بوده و شناسايي منابع آلاينده و مطالعات پايه سيستم صورت نگرفته و از داده‌هاي مطالعات پيشين از جمله مطالعات "ارزيابي اثرات زيست محيطي طرح برقابي ارس" استفاده شده است.

- تدوين دستورالعمل نمونه‌برداري از آب و رسوب در رودخانه ارس (در بازه مورد مطالعه)
- تدوين دستورالعمل پايش بيولوژيكي از محدوده مورد مطالعه شامل پايش ماهيان و گياهان
- انجام نمونه‌برداري‌هاي كيفي در يك بازه يكساله به صورت ماهيانه (11 ايستگاه نمونه‌برداري آب و 4 ايستگاه در سطح مخزن)
- انجام نمونه‌برداري‌ها و پايش‌هاي بيولوژيكي (پايش گياهان در 9 نقطه و پايش ماهيان در 2 نقطه)
- تحليل نتايج آزمايشات كيفيت آب و رسوب و مقايسه با استانداردها و شاخص‌هاي معتبر ملي و بين‌المللي
- تحليل نتابج آزمايشات بيولوژيكي و تدقيق وضع موجود منطقه (قبل از احداث نيروگاه‌ها)
- جمع‌بندي و شناسايي مشكلات كيفيت آب و شرايط بيولوژيكي منطقه
- پيشنهاد راهكارهاي ساختاري و غيرساختاري جهت بهبود شرايط كيفيت آب رودخانه ارس
- طراحي شبكه پايش كيفي دائم On-line و Off-line در طول رودخانه ارس (در بازه مورد بررسي)

در اين مطالعه به دليل قرار گيري معدن مس آگاراك در محدوده مرزي در كشور ارمنستان و مجاورت سدهاي باطله اين معدن، مشاهده گرديد كه پساب معدن به همراه پساب جمع‌آوري شده در سدهاي باطله در نقاطي وارد رودخانه ارس مي‌شوند كه اين امر شرايط كيفيت رودخانه ارس را با تهديد مواجه كرده است. بدين جهت برنامه جامع نمونه‌برداري از آب، رسوبات و محيط بيولوژيكي منطقه عملياتي و مناطق بحراني شناسايي و بدنبال آن مذاكرات و مكاتبات با مسئولان ارمنستاني جهت مديريت آلاينده‌هاي توليدي انجام گرديد. اين امر پس از راه‌اندازي نيروگاه‌هاي برقابي و كاهش دبي آب رودخانه اهميت بيشتري پيدا خواهد كرد.